Trong một bài viết ngắn có tên Nước là gốc, in ở đầu sách Việt Nam quốc sử khảo, Phan Bội Châu viết:

...Tổ tông cha mẹ ta ở đâu ra, con cháu chúng ta nương tựa vào đâu; suy đi tính lại, chẳng phải là nước ta đó sao? Vậy, nước ta là tính mệnh của thân ta. Thân ta vì đâu mà có giá trị? Vì có nước. Nước mất thì giá trị ta thấp hèn. Thân ta vì đâu có quyền? Vì có nước. Nước mất thì quyền cũng không còn...

Xuất phát từ quan niệm ấy, trong Việt Nam quốc sử khảo, tác giả đã tìm hiểu và đã viết thành mười chương với những chủ đề chính như sau:

• Chương thứ nhất: Tổ quốc chúng ta.
• Chương thứ hai: Nhân chủng, nhân khẩu nước ta.
• Chương thứ ba: Địa lý, sản vật nước ta.
• Chương thứ tư: Những biến chuyển mà nước ta đã trải qua.
• Chương thứ năm: Sự thịnh suy của dân quyền và dân trí nước ta.
• Chương thứ sáu: Những vị anh hùng thời trước chống ngoại xâm, mưu độc lập.
• Chương thứ bảy: Các võ nhân - văn sĩ nước ta.
• Chương thứ tám: Sự gian khổ trong việc nước ta kinh lý nơi biên giới.
• Chương thứ chín: Sự khuất phục về ngoại giao của nước ta qua các triều đại.
• Chương thứ mười: Đầu đuôi mối quan hệ giữa nước ta với người âu châu.